嘧啶二聚体

  嘧啶二聚体(pyrimidine dimer,简称PD),是DNA或RNA中的相邻碱基,如胞嘧啶及胸腺嘧啶,在紫外线的引诱下停止光化学分化,于C=C碳双键生成共价键而构成的一种化合物,是突变发生的启事之一。 在双链RNA中,紫外线也能够招致脲嘧啶二聚体生成。紫外线二聚体的罕见例子包罗环丁烷嘧啶二聚体及6-4光产品。它们修改了DNA原有结构,令聚合酶没法正常运作,DNA没法复制。嘧啶二聚体可经过光致活感化或核苷酸切除修复的感化来修复。假设终究没法修复,可引致突变。

  环丁烷嘧啶二聚体(CPD)由嘧啶的C=C双键的偶联反应所生成,共有四个环。

  它们影响了DNA复制时的碱基配对,招致突变。

  6-4光产品又称6,4嘧啶-嘧啶酮。它的生成率只要环丁烷嘧啶二聚体的三分之一,但有更大年夜能够激发突变。孢子光产品溶酶为修复胸腺嘧啶二聚体的另外一门路。

  跨毁伤聚合酶常令嘧啶二聚体转化为突变。这类反应于原核生物(SOS反应)及真核生物中都存在。固然胸腺嘧啶二聚体是在紫外线毁伤中较为罕见,但因跨毁伤聚合酶较常以腺嘌呤修复DNA,故胸腺嘧啶二聚体平日能准确修复。反之,环丁烷型嘧啶二聚体中的胞嘧啶则易受脱氨感化进击,转化为胸腺嘧啶。

  嘧啶二聚体会招致DNA的局部构象修改,故可被修复酶发觉。在绝大年夜局部的生物中,伤害亦可借由光致活感化修复,但诸如人类的胎盘植物则无此机制。光致活感化中,光裂合酶将环丁烷嘧啶二聚体直接以光化学感化恢复。修复酶发觉毁伤后,会接收波长>300?nm的光线(即荧光及紫外光),令光化学感化发生,将二聚体恢复。

  核苷酸切除修复则是更通用的DNA维修方法。在这过程当中,环丁烷嘧啶二聚体被切除,并分化新的DNA来弥补该区域。着色性干皮症正是因患者没法停止核苷酸切除修复而招致的遗传病,患者皮肤细胞被紫外光破坏后没法修复,招致皮肤变色及引发癌变。人类中,没有修复的嘧啶二聚体可引致黑色素瘤。

  Peak calling是一种用于判定经染色质免疫沉淀-测序或MeDIP-测序试验后所掉掉落的比对读段富集在基因组哪些区域中的一种计算方法。当免疫沉淀的蛋白质是一种转录因子时,那么DNA的富集区域就是这类它的转录因子联合位点(TFBS)。主流的Peak calling软件有MACS等。

  Peak calling可应用于转录组/外显组测序,亦可用于对MeRIP-测序或m6A-测序的RNA表不美观基因组测序数据停止剖析;应用如exomePeak等的软件依次,可检测出转录后RNA润饰位点。

  RNA测序(,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序 Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS)是基于第二代测序技巧的转录组学研究方法。RNA测序是应用第二代测序的才华,在给按时辰从一个基因组中,提醒RNA的存在和数量的一个快照的技巧。


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本文作者2020-05-12 06:21
admin
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